Jan Rokyta studoval hru na cimbál u Ludmily Dadákové na Kozervatóriu v Bratislavě a hru na zobcovou flétnu u Waltra van Hauweho a Paula Leenhoutse na Sweelinck-Conservatoriu v Amsterdamu. Svou kariéru zahájil v cimbálové muzice TECHNIK Ostrava, založené v roce 1958 jeho otcem Janem Rokytou sen. V oblasti soudobé vážné hudby spolupracoval Jan Rokyta se Symfonickým orchestrem bratislavského rozhlasu, s ASKO/Schönberg ensemble, Nederlands Blazers ensemble, Het Nieuw ensemble, Rozhlasovou komorní filharmonií a dalšími. V posledních letech je rovněž častým hostem symfonických a komorních orchestrů v Německu a Rakousku jako např. Klangforum, Österreichisches Ensemble für Neue Musik a Radio-Symfonieorchester Südwestrundfunk Stuttgart. V oblasti světového folklóru získal Jan Rokyta bohaté zkušenosti v orchestru Mezinárodního folklórního divadla v Amsterdamu, kde působil v letech 1995 – 2002 jako instrumentální sólista a hudební realizátor a v sezóně 2007 – 2008 jako hudební ředitel tohoto tělesa. Spolu s manželkou Liselotte Rokyta vytvořil Jan Rokyta netradiční nástrojové spojení Panovy flétny a cimbálu. Jan Rokyta je kromě činností v oblasti hudby také „Vinologem nizozemské vinné akademie“ a v roce 2010 získal titul „Weinakademiker rakouské vinné akademie“. Od roku 2011 vyučuje na Pražské Vinné Akademii, zabývá se poradenskou činností pro moravské vinaře (se specializací BENELUX) a vinařskou turistikou, především pro novináře píšící o víně.